Research Pulse — 2026-10-26 | Brown Biotech

# Research Pulse — 2026-10-26
_Generated 2026-10-26 07:30 KST · AI × Bioresearch Daily synthesis_

Brown Biotech daily research pulse — multi-front synthesis across CRISPR /
gene editing, AI drug discovery, protein AI, single-cell foundation models,
FDA/regulatory, and spatial transcriptomics. Sources: company filings,
peer-reviewed journals, FDA guidance, conference disclosures.

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### Post 1: 오늘의 전체 흐름

🧬 **AI × Bioresearch Daily — 10월 26일 (월요일) · Score vs Signal(점수와 신호) Day**

오늘의 축은 '점수'와 '신호' 사이의 거리다. 여섯 전선에서 나온 결과는 대부분 어떤 지표가 기준을 넘었다는 형태로 서술되는데, 동시에 그 지표가 무엇을 담지 못하는지, 그리고 지표가 통과(screen)되는 순간과 실제로 기능이 발현되는 순간 사이에 얼마나 큰 간극이 있는지가 함께 공개됐다. 이번에 다룬 사전-print 15건과 산업 발표 4건은 10월 13일부터 24일 사이 게재·발표된 것이며, 각 연구의 첫 게재 시점 수치를 그대로 옮겼다.

유전자 편집 전선에서 이 간극은 '특이성'이라는 축에서 가장 좁게 좁혀졌다. 10월 16일 게재된 바르셀로나 IDIBELL의 Olaso-Llorca·Colizzi·Mingarro·Acinas·Ceron 연구는 대양 1,500 m 깊이 메타지노믹 샘플에서 회수한 첫 심해 Cas9 누클레이제 DO1Cas9를 보고했다. 저온 적응형 구조 유연성과 염도 의존 안정성을 갖췄으며 SpCas9보다 높은 특이성을 보였다. 같은 날 게재된 베를린 Charité Universitätsmedizin의 Diederich·Wendlinger·Kong·Halbritter·Devuyst·Kaminski 연구는 ADTKD-UMOD에서 대표 missense 변이 p.Cys170Tyr를 A-to-G 변환 효율 최대 83.4%로 교정해 우로모듈린 트래픽팅을 회복시켰고, 동시에 돌연변이 무관한 불활성화 경로 네 개를 44.1~71.9% on-target 효율로 열어 놓았다.

AI 신약 전선에서는 점수와 신호의 격차가 계약 구조 자체에 녹아 있었다. 10월 23일 발표된 New York 기반 Pathos AI의 2억 3,700만 달러 Series E는 약 30억 달러 사후 평가액을 제약사가 주도한 라운드였고, BMS는 기존에 1억 2,500만 달러 선지급과 최대 23억 달러 마일스톤을 건넨 상태였다. 10월 21일 발표된 AI Proteins와 Astellas의 미니프로틴 독점 라이선스는 4억 달러를 넘기는 조건으로 묶였고, 10월 19일 발표된 Hansoh와 Roche의 ADC 라이선스는 마일스톤 150억 달러 초과, 선지급 4억 달러에 1년 뒤 추가 1억 1천만 달러를 걸었다. 같은 날 Columbia Irving Medical Center의 Upadhyay·Gabr 그룹은 42억 화합물 DNA-인코딩 라이브러리에서 뇌 관통형 CHI3L1 조절제 DELC2를 찾아냈다.

단백질·구조 설계 전선에서는 점수가 신호를 가로막는 사례가 가장 선명했다. 10월 14일 게재된 Shenzhen UniBindMD의 Fu·Chen·Wu 연구는 BindCraft2 v1.0.3으로 LDHA K81 유당화 에피토프를 겨냥한 사이클릭 펩타이드 설계 627개 궤적 중 채택된 설계가 0건이었다고 정리했다. 97%가 첫 스크린 단계의 단일 신뢰도 게이트에서 탈락했지만 인터페이스 지표 i_pTM은 0.69, 표적 pTM은 0.90이었다. 10월 20일 게재된 University of Washington Institute for Protein Design의 Baker·King·Tyka·Mittal 그룹의 Chaperone는 9개 생분자 설계 과제에서 토큰 사용량 86%, GPU 비용 64%를 줄이며 2주 만에 코르티솔에 대한 저나노몰러 바인더를 제로샷으로 설계했다.

Single-cell 전선에서는 '예측'과 '근거'를 분리하는 작업이 반복됐다. 10월 19일 게재된 Pennsylvania의 Ma·Gandal·Ziller·Shalem 그룹의 scRBP는 616개 RBP에 대한 2만 746개 모티프와 223개 ENCODE eCLIP 데이터셋을 써서 RBP knock-down에 1.4~2.5배 과표현되는 표적을 찾았고(FDR<2×10⁻⁴), 620만 세포와 50개 형질로 사람 유전적 위험을 후전사조절 프로그램까지 연결했다. 10월 16일 게재된 Genentech의 Xie·Fletez-Brant 그룹의 GEMS는 Borzoi 기반 멀티모달 변이 효과 예측에 SHAP 기여도를 얹어 미세매핑 변이 중 중앙값 58.7%(ATAC-seq), 65.9%(RNA-seq)를 최소 한 세포 타입에 연결했다. 10월 15일 게재된 KU Leuven의 Song·Thienpont 연구는 C-to-T 변이가 비설탕화 전환으로 오독되는 문제를 변이 위치 마스킹으로 잡아내 25,674개 핵에서 위양성 DMR을 줄였다.

규제 전선에서는 '근거'라는 단어 자체가 문서로 구체화됐다. FDA는 6월 24일 Federal Register에 Expedited IND Pilot Program 요청정보(RFI FDA-2026-N-4699, 문서 2026-12621)를 띄웠고, 스폰서 요청 마감은 10월 30일 23:59 ET, 참가자 코호트 선정은 12월 18일이다. 같은 날 'Demonstrating Substantial Evidence of Effectiveness for Human Drug and Biological Products' 개정 초안(문서 2026-12622)이 나왔고, 유전자편집 치료제는 6월 3일 91 FR 33178에 '바퀴를 다시 만들 필요가 없다'는 초안 가이던스로 의견 수렴이 열렸다. 10월 20일에는 GSK·Ionis의 bepirovirsen(Hibsago)이 미국 허가를 받아, B-Well 1·2 통합에서 1,220명 중 233명(19%)이 기능적 완치를 달성했다.

공간 전사체·암 아틀라스 전선에서는 '샘플'과 '신호' 사이의 간극이 수치로 드러났다. 10월 16일 게재된 Montpellier ICM의 David·Mateus 그룹의 SPEAR는 FFPE 조직에서 0.1 mm² 면적으로 RNA 변형 수십 종을 재현성 있게 잡아내고, 사람 확산성 glioma의 고등급 초점 국소에서만 메틸화 RNA 변형의 동반 감소를 공간 제한 신호로 분리해 냈다. 10월 14일 게재된 Pennsylvania의 Oldridge·Kim 그룹은 6종 스캐너 103장 슬라이드, 95,780개 매칭 위치에서 Pix2Pix가 이미지 잔차를 69% 줄이면서 UNI 임베딩 거리는 오히려 27% 늘렸음을 보였다. 10월 14일 게재된 Yale의 Zhou 그룹의 SVC는 세포 내 해상도 공간 전사체에서 유전자별 세포 내 국소화를 직접 학습했고, 10월 16일 게재된 Hartwig Medical Foundation·GENAYA의 Cuppen 그룹은 698명(18~39세)의 아시아·청소년·청성암 환자를 5,220명 성인과 비교해 종 일치 병인성 생식줄 변이가 10.9% 대 6.6%(p=0.006)로 더 흔함을 보였다.

*출처: [Olaso-Llorca et al. — DO1Cas9 심해 Cas9 누클레이제 bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759226v1), [STAT News — Pathos AI 2억 3,700만 달러 Series E 2026-10-23](https://www.statnews.com/2026/10/23/pathos-ai-bristol-myers-squibb-tempus-deal/), [Butcher et al. — Chaperone 설계 프레임워크 bioRxiv 2026-10-20](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.759896v1), [Ma et al. — scRBP RBP regulon bioRxiv 2026-10-19](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758934v1), [Federal Register — Expedited IND Pilot Program RFI 2026-12621](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12621/expedited-investigational-new-drug-pilot-program-request-for-information), [Mateus et al. — SPEAR 공간 에피트랜스크립토믹스 bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758238v1)*

*#AI_bioresearch #ScoreVsSignal #점수와신호 #CRISPR #DeepSeaCas9 #BaseEditing #AIDrugDiscovery #BigPharma #ProteinDesign #AlphaFold3 #SingleCell #MultiOmics #FoundationModel #FDA #Regulation #SpatialOmics #암아틀라스 #연구동향*

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### Post 2: CRISPR & Gene Editing — 심해의 효소와, 돌연변이를 무시하는 네 개의 출구

🌊 **CRISPR & Gene Editing — 10월 26일 · Deep-Sea Cas9 & Mutation-Agnostic Editing**

먼저 심해에서 온 누클레이제다. 바르셀로나 IDIBELL의 Olaso-Llorca·Colizzi·Mingarro·Acinas·Ceron 그룹이 10월 16일 bioRxiv에 올린 DO1Cas9 연구는, 대양 1,500 m 깊이에서 채취한 메타지노믹 샘플에서 분리된 Cas9 누클레이제로, 구조 예측 관점에서 아직 알려지지 않은 첫 번째 심해 Cas9다. 이 효소는 저온에서 구조적 유연성이 유지되고 열에 취약하며, 염도 의존적인 안정성을 보인다. 무엇보다 SpCas9보다 높은 특이성을 보였는데, 실측 비교에서는 상온 Mesophilic SpCas9가 저온에서 잔여 활성만 남는 조건에서도 DO1Cas9가 이중가닥 DNA를 효율적으로 자랐다.

이 효소의 쓸모는 네 가지 진핵 생물 종에서 검증됐다. 선형충 C. elegans, 제브라피쉬, 담조 Tail로붙이 Oikopleura dioica, 그리고 말라리아 원충 Plasmodium falciparum의 유전자가 모두 편집 대상이 됐다. 특히 세균 Marinomonas mediterranea에서는 침입 파지를 표적으로 프로그래밍했을 때, 파지 판독 효율이 SpCas9를 썼을 때보다 약 10배 더 많이 떨어졌다. 효소 설계에서 '특이성'이라는 단어가 정량으로 바뀌는 순간이다.

두 번째 연구는 베이스 에디팅의 목적을 다시 정의한다. 베를린 Charité Universitätsmedizin의 Diederich·Wendlinger·Kong·Halbritter·Devuyst·Kaminski 그룹이 10월 16일 올린 논문은 자가우성 세뇨관간질성 신장질환(ADTKD-UMOD)을 다룬다. 연구진은 UMOD의 대표 missense 변이 p.Cys170Tyr를 A-to-G 베이스 에디터로 교정했고, 변환 효율은 최대 83.4%에 이르렀으며 세포주와 사람 유래 3D 키니 투불로이드에서 우로모듈린이 혈장막으로 되돌아오는 트래픽킹 회복이 확인됐다. 동시에 네 개의 돌연변이 무관 불활성화 경로가 세팅됐다.

네 경로란 조기 종결 코돈 도입, 스플라이스 사이트 교란, allele-specific 종결 코돈 도입, 프로모터 감쇠였고, 각각 최대 on-target 효율 44.1~71.9%를 기록했다. 연구진은 여기에 사람 소변 유래 세포에서 CRISPRa로 내과 UMOD 프로모터를 활성화해 UMOD를 상향 조절하는 장치를 얹고, HEK293에서 베이스 에디팅 이후 내과성 UMOD 전사체가 얼마나 감소했는지를 정량화하는 측정 루프를 완성했다. 개별 변이를 하나씩 고치는 대신 '변이가 무엇이든 상관없이 유전자 기능을 죽인다'는 전략으로 판을 옮긴 셈이다.

*출처: [Olaso-Llorca et al. — A deep-sea Cas9 nuclease from the 1,500 m metagenomic sample, bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759226v1), [Diederich et al. — Base editing of UMOD for ADTKD via four mutation-agnostic inactivation routes, bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.758759v1)*

*#CRISPR #DeepSeaCas9 #BaseEditing #GeneTherapy #UMOD #Specificity*
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### Post 3: AI Drug Discovery & 빅파마 딜 — 데이터도 사고, 지표도 사고

💰 **AI Drug Discovery & Big-Pharma Deals — 10월 26일 · Capital Meets Computation**

오늘 나온 딜은 자사 기술이 아니라 계약 구조가 흥미로웠다. 10월 23일 발표된 Pathos AI의 Series E는 2억 3,700만 달러 규모로 사후 평가액 약 30억 달러였고, 리드는 단둘이 VC가 아니라 Bristol Myers Squibb였다. New York에 본사를 둔 Pathos는 수천 개의 전문 AI 에이전트를 돌리는 Foundry 플랫폼을 운영하며, 이번 라운드는 그 플랫폼과 온콜로지 파이프라인을 함께 밀기 위한 것이었다. 회사는 2026년 말까지 AI 설계 약물을 임상시험에 넣는 목표를 내걸었다.

이 딜에서 눈여겨볼 것은 돈의 방향이 양방향이라는 점이다. BMS는 Foundry를 알츠하이머·신경과 영역에 쓰는 대가로 앞서 1억 2,500만 달러 선지급과 최대 23억 달러 마일스톤을 이미 약속했고, Pathos는 그 대신 5년 계약으로 BMS 신경·알츠하이머 데이터셋 이용료 5,500만 달러를 지불한다. 별도로 Tempus AI의 대규모 데이터셋을 Pathos 분석 계층과 연결하는 계약도 함께 얹혔다. AI 신약 딜의 무대가 마일스톤 상금이 아니라 '데이터 이용료와 생성물 권리'로 이동했다는 뜻이다.

두 번째 딜은 분자 설계의 최상단 패러다임을 겨냥했다. 10월 21일 발표된 Boston 기반 AI Proteins와 Astellas의 연구 협업 및 전 세계 독점 라이선스 계약은 de novo 미니프로틴 기반 치료제 탐색·개발을 대상으로 하며, 선지급과 마일스톤 합계가 4억 달러를 넘고 로열티가 추가된다. 타깃 선정은 Astellas 쪽이 맡는다. 스크린으로 42억 개를 소진하는 대신 설계 단위를 '항체'가 아닌 '접이성 미니프로틴'으로 좁혀 비용 구조를 뒤집은 구조다.

세 번째 딜은 규모에서 완전히 다른 축에 있다. 10월 19일 발표된 Hansoh와 Roche의 협업·라이선스 계약은 ADC 포트폴리오 전반을 대상으로 마일스톤 총액이 150억 달러를 넘으며, 선지급 4억 달러에 1년 뒤 1억 1천만 달러가 추가된다. 권리는 중국 본토·홍콩·마카오·대만은 Hansoh가, 그 외 글로벌은 Roche가 갖는다. 중국 제약의 ADC 자산이 글로벌 딜의 중심에 놓였다는 의미고, 선지급 숫자가 마일스톤 총액의 0.3%에 불과하다는 점도 함께 읽어야 한다.

학계 쪽에서도 같은 주제의 다른 버전이 나왔다. 10월 21일 게재된 Columbia Irving Medical Center의 Upadhyay·Zhang·Kaur·Calvo-Barreiro·Teplova·Gabr 그룹은 42억 개 화합물 규모 DNA-인코딩 라이브러리를 스크리닝해 DELC2라는 뇌 관통형 CHI3L1 조절제를 손에 넣었다. 이 분자는 CHI3L1의 당 인식 골로브에 결합하며 그 포켓은 Trp99와 Trp352를 중심으로 한 방향성·소수성 주머니로, CHI3L1-RAGE 결합을 막고 염증 신호를 억제하며 Gal-3 양성 미세glia를 줄이고 글리아 배양에서 amyloid-β 흡수를 되돌린다. 사람 뇌척수액 CHI3L1은 알츠하이머 환자에서 높고 별 세포 NF-κB 활성화와 상관했으며, 경구 DELC2는 5xFAD 마우스에서 지속적인 비결합 뇌 노출을 달성해 인지 기능을 개선하고 amyloid-β 종을 줄였다.

*출처: [Pathos AI — $237 Million Series E to Scale Agentic AI Drug Development Platform and Advance Oncology Pipeline, BusinessWire 2026-10-23](https://www.businesswire.com/news/home/20261023421846/en/Pathos-AI-Secures-%24237-Million-in-Series-E-Financing-to-Scale-Agentic-AI-Drug-Development-Platform-and-Advance-Oncology-Pipeline), [STAT News — AI drug firm Pathos raises $237 million, pushing valuation to $3 billion, 2026-10-23](https://www.statnews.com/2026/10/23/pathos-ai-bristol-myers-squibb-tempus-deal/), [Fierce Biotech — BMS leads Pathos' $237M series E alongside Alzheimer's link, 2026-10](https://www.fiercebiotech.com/biotech/pathos-ai-closes-237m-series-e-heels-bms-alzheimers-link), [AI Proteins — Research Collaboration and License Agreement With Astellas Pharma for Miniprotein-Based Therapeutics Valued at Over $400 Million, BusinessWire 2026-10-21](https://www.businesswire.com/news/home/20261021073833/en/AI-Proteins-Announces-Research-Collaboration-and-License-Agreement-With-Astellas-Pharma-to-Discover-and-Develop-Novel-Miniprotein-Based-Therapeutics-Valued-at-Over-%24400-Million), [Hansoh Pharma — Collaboration and License Agreement with Roche, 2026-10-19](https://www.hspharm.com/news/news-detail-513518.htm), [Upadhyay et al. — Brain-penetrant CHI3L1 modulator DELC2 from a 4.2-billion-compound DNA-encoded library, bioRxiv 2026-10-21](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759511v1)*

*#AIDrugDiscovery #BigPharma #PathosAI #Miniprotein #ADC #Neurodegeneration*
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### Post 4: Protein Structure & Design — 0건의 채택과 86% 절감 사이

🧩 **Protein Structure & Design — 10월 26일 · Zero Binders & Cheaper Pipelines**

단백질 설계 쪽에서 오늘 가장 값진 숫자는 채택 0건이다. 10월 14일 게재된 Shenzhen UniBindMD Computational Biotechnology의 Fu·Chen·Wu 그룹은 두 개의 BindCraft2 v1.0.3 캠페인에서 627개 궤적을 돌렸고 채택된 설계는 한 건도 없었다고 보고했다. 목표는 사람 유산산탈수효소 A(LDHA)의 얕은 K81 유당화 에피토프였다. 막다른 곳은 예상 밖이었다. 97%의 궤적이 첫 스크린 단계에서 단일 신뢰도 게이트(binder pLDDT < 0.60)에 걸렸지만, 인터페이스 지표 i_pTM은 0.69까지 올라갔고 표적 단백질은 pTM 0.90으로 확신 있게 접혀 있었다.

즉 설계는 인터페이스를 만들 수 있었고, 배제된 건 인터페이스가 아니었다. 연구진은 두 가지 원인을 분리했다. 첫째, 스크린 단계의 pLDDT 게이트가 구형(globular) 바인더 기준으로 보정되어 있어 짧은 펩타이드에는 과도하게 엄격했고, 둘째 짧은 펩타이드에서는 binder_contacts 손실이 퇴화했다. 흥미로운 것은 'lysine trick'이라 불린 강제 타게팅(forced_targeting)의 유지가 오히려 역효과였다는 점이다. 이 스위치를 켜면 스크린을 통과한 궤적이 1개에서 17개로 늘었고, 끄면 1개뿐이었다. 파이프라인은 조용히 실패한 것이 아니라 잘못된 게이트에서 실패했다.

두 번째 연구는 설계 파이프라인 자체의 비용 구조를 바꾼다. 10월 20일 게재된 University of Washington Institute for Protein Design의 Baker·King·Tyka·Mittal·Brent 그룹의 Chaperone는 RFdiffusion3(RFD3)를 축으로, 시퀀스 설계·구조 예측·평가 도구를 아우르는 경량 파이프라인이다. ProteinMPNN과 AlphaFold3를 포함해 50개가 넘는 단백질 설계 도구를 한 흐름에 묶는다. 9개 생분자 설계 과제를 돌린 결과 총 토큰 사용량을 86%, GPU 비용을 64% 줄이면서 계산 설계 통과율은 오히려 올랐다. 실제로 2주짜리 소분자 바인더 설계 캠페인에서 코르티솔에 저나노몰러 수준으로 결합하는 바인더를 제로샷으로 설계해 냈고, 대칭 12서브유닛 자가조립 나노입자와 C2·D3 대칭 복합체 상호작용을 매개해 결정성 조립체를 형성하는 링커까지 설계했다. 코드는 공개됐다.

세 번째 연구는 'PPI 점수'라는 지표의 의미를 정밀하게 걷어냈다. 10월 14일 게재된 Beijing University의 Cheng·Sun·Ye·Wu·Zhao 그룹의 ProtNegDB는 '생물학적 맥락 인식'과 '직접 파트너 특이성'을 별개로 다룬다. 다섯 가지 시퀀스 기반 예측기는 같은 조립체 안에서 서로 직접 접촉하지 않는 구성원까지 직접 파트너로 착각하는 경향이 강했고, PLM-Interact 계열은 직접 파트너와 무관 단백질을 모두 더 높은 순위에 올렸다. AlphaFold3는 이 구분을 더 잘하긴 했지만 여전히 불완전했다. 즉 높은 시퀀스 기반 PPI 점수를 직접 인터페이스 확률로 읽어서는 안 된다.

네 번째는 실험 자동화 쪽의 규모다. 10월 21일 v2가 올라온 Masaryk University의 Prokop·Damborsky·Stavrakis·Mazurenko·Vasina·Kovar·Kizovsky 그룹의 CascadeMAP은 미세유체 닫힌 루프 최적화에 베이지안 최적화와 멀티에이전트 AI를 결합했다. 형광 기반 글리세롤 검출과 무표지 Raman을 쓰는 1,2,3-트리클로로프로판 분해라는 두 개의 3-효소 cascade에서 베이지안 최적화는 전통적 실험 설계(Design of Experiments)보다 3배 적은 실험 조건으로 같은 최적점에 도달했다. 멀티에이전트 AI가 2.1 GB 데이터를 처리했고, 7일 동안 사람의 개입 없이 약 29만 5천 개 반응과 약 7,400개 조건을 소화했다.

*출처: [Fu, Chen, Wu — Why 627 BindCraft2 trajectories produced zero accepted binders, bioRxiv 2026-10-14](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758722v1), [Butcher et al. — Chaperone: a customizable RFdiffusion3-based design framework, bioRxiv 2026-10-20 (Institute for Protein Design, University of Washington)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.759896v1), [RosettaCommons — Chaperone source code](https://github.com/RosettaCommons/chaperone), [Cheng et al. — ProtNegDB: evidence-resolved protein-protein interaction benchmarks, bioRxiv 2026-10-14 (Peking University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757219v1), [ProtNegDB resource](http://protnegdb.bjmu.edu.cn/), [Vasina et al. — CascadeMAP: autonomous microfluidic closed-loop optimisation of enzyme cascades, bioRxiv 2026-10-21 (Masaryk University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730034v1)*

*#ProteinDesign #AlphaFold3 #RFdiffusion3 #BindCraft2 #PPI #Microfluidics*
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### Post 5: Single-Cell & Multi-Omics Foundation Model — 점수 뒤에 남는 확률

🧬 **Single-Cell & Multi-Omics Foundation Model — 10월 26일 · Regulons, Niches, Attribution**

단일세포 전선의 첫 결과는 '모티프'라는 단위로 돌아선 것이다. 10월 19일 게재된 University of Pennsylvania의 Ma·Tang·Sriram·Li·Jops·England·Vo·Liao·Smith·Margolis·Shalem·Ziller·Vuong·de la Torre-Ubieta·Gandal 그룹의 scRBP는 short-read·long-read 단일세포 전사체에서 모티프로 뒷받침되는 RBP regulon을 유전자와 아이소폼 해상도로 추론한다. 각 표적은 5'UTR, CDS, 인트론, 3'UTR라는 전사체 영역별로 분해된다. 스케일은 크다. 616개 RBP에 대한 2만 746개 모티프에서 출발해, 223개 ENCODE eCLIP 데이터셋에서 실험적으로 정의된 표적을 회수했다.

이 모델이 가장 설득력 있는 지점은 세 가지다. 30개 조직을 통과시키면서 3'UTR 결합 안정화 인자와 인트론 지배 스플라이싱 조절자를 깔끔하게 분리했고, 게놈 규모 CRISPRi Perturb-seq 데이터에서 추론된 표적이 RBP knock-down에 반응하는 유전자들 사이에 1.4~2.5배 과표현됐다(161개 RBP, FDR<2×10⁻⁴). 마지막으로 620만 세포와 50개 형질을 묶어, 사람 유전적 위험을 세포 특이적 후전사조절 프로그램까지 연결했다. 모티프 예측이 표적 조절요소로 넘어가는 순간, 변이, 기능 단위는 유전자가 아니라 조절 네트워크가 된다.

두 번째 연구는 T세포 클론 공간을 다시 쪼갰다. 10월 14일 게재된 Technion의 Shorer·Pinhasi·Amit·Yizhak 그룹의 CloneTrast는 짝지어진 scRNA/TCR-seq로 학습하지만 추론 단계에서는 scRNA-seq만 요구하는 지도 대비 학습 프레임워크다. 학습에는 16개 암 종류에서 260만 사람 T세포가 쓰였고, 결과는 TCR 유사도나 기존 state annotation으로 설명되지 않는 클론 niche를 찾아냈다. 특히 혈종과 종에서 TCR을 공유하는 NK 유사 T세포 niche가 암 종류 전반 immunotherapy 반응 불량과 일관되게 연관됐다. 상태 라벨로 잡히지 않던 공간을 클론성으로 다시 정의한 사례다.

세 번째 연구는 '어느 세포 타입 때문인가'라는 질문을 정량화했다. 10월 16일 게재된 Genentech의 Xie·Qian·Chang·Bhangale·McCarthy·Eraslan·Fletez-Brant 그룹의 GEMS는 시퀀스-기능 모델 Borzoi에서 나온 멀티모달 변이 효과 예측(ATAC-seq + RNA-seq)에 SHAP 기반 기여도 분석을 얹고 지도 분류기로 학습했다. 적용 대상은 천식, LDL 콜레스테롤, 다발성경화증, 제2형 당뇨였다. 미세매핑된 변이 중 중앙값 58.7%가 ATAC-seq를 통해 최소 한 세포 타입과 연결됐고, RNA-seq에서는 65.9%였다. 다발성경화증에서는 계층적 이중군집화가 위험 변이를 면역 모듈과 중추신경 모듈로 갈라냈고, 두 모듈은 서로 다른 전사조인자 계열에 의해 지배됐다. 유전적 위험을 '유전자' 단위가 아니라 '세포 타입 × 조절요소' 단위로 분해한 결과다.

네 번째 연구는 측정 자체의 잡음을 다뤘다. 10월 15일 게재된 KU Leuven·Leuven Cancer Institute의 Song·Diacofotaki·van der Veer·Leroy·Aerden·Che·Thienpont 연구는 DNA 메틸화에서 C-to-T 변이가 비설탕화 전환 이벤트로 오독되는 문제를 다뤘다. 해결책은 정량과 특징 선택 이전에 변이 위치를 마스킹하는 것이었다. 사람 혈액 핵 sciMET 데이터셋(n=10, 핵 25,674개)에서 배치 혼합이 개선되고 표본별로 허위 발견된 DMR이 줄었다. 아틀라스 규모에서 유전형이 배경을 만드는 일은 드물지 않기 때문에, 잡음을 줄이는 작업 자체가 결과 재현성의 전제조건이 된다.

*출처: [Ma et al. — scRBP: motif-supported RBP regulons from single-cell transcriptomes, bioRxiv 2026-10-19 (University of Pennsylvania)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758934v1), [Shorer et al. — CloneTrast: clone-aware single-cell representation for cancer T cells, bioRxiv 2026-10-14 (Technion)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.06.757206v1), [Xie et al. — GEMS: cell-type attribution of genetic risk with Borzoi and SHAP, bioRxiv 2026-10-16 (Genentech)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759213v1), [Song et al. — Mitigating genotype-driven bias in atlas-scale single-cell DNA methylome, bioRxiv 2026-10-15 (KU Leuven)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.756197v1)*

*#SingleCell #MultiOmics #FoundationModel #PerturbSeq #Borzoi #GeneRegulation*
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### Post 6: FDA & Regulation — 근거라는 단어가 문서가 되는 날

⚖️ **FDA & Regulation — 10월 26일 · Expedited IND & Substantial Evidence**

규제 전선의 첫 축은 IND 제출 속도다. FDA는 9월 15일부터 Expedited IND Pilot Program 신청을 받아들였고, 스폰서의 요청 마감은 10월 30일 23:59 ET, 참가자 코호트 선정은 12월 18일로 잡혀 있다. 이 파일럿은 RFI FDA-2026-N-4699에서 출발했다. Federal Register에 6월 24일 게재된 문서 2026-12621이 그 근거이고, 의견 접수 기간은 7월 21일 문서 2026-14672를 통해 8월 24일까지로 연장됐다. 핵심 구조는 스폰서와 자격을 갖춘 연구기관(QRI)이 공동으로 신청하는 방식이다. 학술 의료센터·건강 네트워크·CRO가 후보로 얹히고, 실제 적용 대상은 Expedited IND Rolling Submission Process다. 커미셔너는 Kyle Diamantas, J.D.다.

두 번째 축은 '증거'의 문서화다. 6월 24일 Federal Register 문서 2026-12622로 FDA는 'Demonstrating Substantial Evidence of Effectiveness for Human Drug and Biological Products' 개정 초안 가이던스를 냈다. 2019년 버전과 2023년 단일 시험 가이던스를 잇는 개정으로, 하나의 Adequate and Well-Controlled Clinical Investigation로 실효성 증거를 제시할 수 있는 범위를 넓히는 방향으로 읽힌다. 같은 날 FDA는 Expedited IND RFI를, 6월 3일에는 유전자편집 치료제 지침 초안을 함께 세팅했다.

유전자편집 지침 초안은 91 FR 33178로 6월 3일 게재됐고 docket은 FDA-2026-D-1257이며, 의견 마감은 9월 1일이다. 문서의 메시지는 명확하다. 관련 제품과 기술에 대한 선행 지식을 이미 갖고 있는 개발자에게, 이전에 검증된 방법을 다시 시험해 볼 이유가 없다는 것, 그리고 이 원칙이 비임상 요건과 임상 요건 양쪽에 적용된다는 것이다. 규제가 '규제하지 않기 위한 문서'라는 점에서, 선형적인 규범 강화와는 다른 축에 있다. 이건 아직 초안 단계라는 점만 붙여두자.

세 번째 축은 실제 승인이다. 10월 20일 FDA는 GSK와 Ionis의 bepirovirsen(Hibsago)을 만성 B형간염에 대해 허가했다. 항센스 올리곤 핵산으로는 이 적응증의 최초 허가다. 3상 B-Well 1에서 650명 중 127명(20%), B-Well 2에서 570명 중 106명(19%)이 기능적 완치를 달성했고, placebo에서는 0명이었다. 두 시험을 합치면 1,220명 중 233명, 19%이며, 이는 24주(6개월) 투여를 마친 뒤 모든 치료를 끊은 상태에서 측정된 수치다. 표적군은 HBsAg가 3,000 IU/mL 이하인 성인이며 기존 뉴클레오시드(티)드 유사체 치료에 병용한다. 각 시험에서 약 24%가 48주차에 NA 중단 요건을 충족했고, NA 단독으로는 연 1% 수준의 기능적 완치에 그친다. ASO가 '치료'보다 '치료 중단'을 가능하게 한 첫 사례라는 점이 이 약의 진짜 새로움이다.

*출처: [FDA — Expedited IND Pilot Program: applying for participation (2026-10-30 deadline)](https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-launches-expedited-ind-pilot-begins-accepting-applications), [Federal Register — Expedited Investigational New Drug Pilot Program; Request for Information, notice 2026-12621, 2026-06-24](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12621/expedited-investigational-new-drug-pilot-program-request-for-information), [Federal Register — Demonstrating Substantial Evidence of Effectiveness for Human Drug and Biological Products; Revised Draft Guidance, notice 2026-12622, 2026-06-24](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12622/demonstrating-substantial-evidence-of-effectiveness-for-human-drug-and-biological-products-revised), [Federal Register — Leveraging Prior Knowledge in the Development of Human Gene Therapy Products Incorporating Genome Editing; Draft Guidance, notice 2026-11054, 2026-06-03 (91 FR 33178)](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/03/2026-11054/leveraging-prior-knowledge-in-the-development-of-human-gene-therapy-products-incorporating-genome), [FDA — Leveraging Prior Knowledge in the Development of Human Gene Therapy Products Incorporating Genome Editing (docket FDA-2026-D-1257)](https://www.regulations.gov/docket/FDA-2026-D-1257), [GSK — Hibsago (bepirovirsen) approved in the US for the treatment of chronic hepatitis B (CHB), 2026-10](https://www.gsk.com/en-gb/media/press-releases/hibsago-bepirovirsen-approved-in-the-us-for-the-treatment-of-chronic-hepatitis-b-chb/), [FDA — FDA Approves First-of-Its-Kind Chronic Hepatitis B Treatment](https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-its-kind-chronic-hepatitis-b-treatment)*

*#FDA #Regulation #ExpeditedIND #SubstantialEvidence #GeneEditing #HepatitisB*
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### Post 7: Spatial Transcriptomics & Cancer Atlas — 0.1 mm² 안에서 읽는 등급

🔬 **Spatial Transcriptomics & Cancer Atlas — 10월 26일 · Spatial Epitranscriptomics & Scanner Effects**

공간 전사체 전선의 첫 연구는 'RNA 변형'을 공간으로 옮긴다. 10월 16일 게재된 Montpellier Institut de Recherche en Cancerologie(INSERM U1194)의 Mateus·Attina·Bigot·Rigau·Vialaret·Hirtz·Darlix·Planque·David 그룹의 SPEAR는 레이저 미세절단과 재설계된 LC-MS/MS 파이프라인을 결합해 FFPE 조직에서 정량적 에피트랜스크립토믹 프로파일링을 뽑아낸다. 면적이 0.1 mm²에 불과한 영역에서도 RNA 변형 수십 종을 재현성 있게 검출했다. 마우스 뇌 연속 절편에서 백질과 회질의 차이를 봤고, 사람 확산성 glioma에서는 저등급 영역과 고등급으로 전이하는 초점이 섞인 조직을 다뤘다.

결과는 등급 판정과 직결됐다. SPEAR은 고등급 영역 안에서 여러 메틸화 RNA 변형이 함께 감소하는 '동시적 하강'을 검출했는데, 이건 bulk 분석에서는 완전히 묻힌다. 환자들이 달라도 재현됐다. 공간 제한 신호를 잃지 않으려면 조직을 잘게 쪼개야 하고, 잘게 쪼개면 RNA 변형 검출이 어려워진다. 두 요구를 동시에 만족시킨 도구가 오늘 나온 셈이다.

두 번째 연구는 스캐너가 아니라 모델을 의심하게 만든다. 10월 14일 게재된 University of Pennsylvania의 Lee·Takemaru·Zhu·Sullivan·Lee·Ge·Kreiger·Baxter·Huang·Kim·Oldridge 그룹은 37개 정상 조직 유형을 6종 스캐너로 촬영한 슬라이드 103장과 95,780개 매칭 위치를 분석했고, 공개 PLISM 데이터셋에서 검증했다. 색상과 공간 주파수는 함께 변했고 그 양상은 조직 유형에 의존했다. Pix2Pix 보정이 이미지 잔차를 69% 줄였지만, 목표에 대한 UNI 임베딩 거리는 오히려 27% 늘었다. 보정 후에도 정정 이미지와 진짜 목표 이미지는 임베딩에서 여전히 구별됐다.

결국 어떤 경로가 강건한지 수치로 나왔다. 전체 슬라이드 타일로 사전학습된 병리 기반 모델 8개 가운데, 작은 주파수 대역 변화에 가장 적게 움직이는 모델이 실제 스캐너 차이에 가장 강건했다(Spearman ρ = −0.90). 이미지를 맞추는 것과 표현을 맞추는 것은 다른 목표라는 뜻이고, 두 목표가 같은 방향으로 움직이지 않는다는 뜻이다. 교정 파이프라인의 성공 지표를 픽셀 재질(appearance)만으로 잡으면, 파이프라인이 오히려 해롭다는 결론이 나온다.

세 번째 연구는 분해능을 한 단계 밀었다. 10월 14일 게재된 Yale University의 Wan·Yang·Hou·Wang·Zhou 그룹의 SVC는 Vision Transformer 기반의 spatially and virtually embedded cell 모델로, 세포 내(subcellular) 해상도 공간 전사체에서 각 유전자의 세포 내 국소화를 직접 학습한다. 유전자 하나의 세포 내 국소화를 하나의 이미지 패치로 보고 같은 세포의 다른 유전자를 컨텍스트로 삼는다. 유전자 기능 사전, 세포 형태, 공간 컨텍스트, 세포 identity를 함께 결합해 미측정 유전자의 세포 내 imputation과 in silico perturbation를 지원하며, 세포 상태와 조직 미세환경에 따라 세포 내 전사체 조직화가 체계적으로 달라지는 양상을 드러냈다. 공간 전사체에서 '유전자가 어디에 있는가'가 '어떤 세포의 어디에 있는가'로 세분화되는 중이다.

네 번째는 암 아틀라스 쪽이다. 10월 16일 게재된 Hartwig Medical Foundation·GENAYA 컨소시엄의 van Putten·Rosendahl Huber·Koster·Roerink·de Ligt·Roepman·Kas·van Boxtel·van der Graaf·Cuppen 그룹은 18~39세 아시아·청소년·청성암(AYA) 환자 698명의 종-정상 짝 전게서와 성인 5,220명의 데이터를 비교했다. AYA 종은 체세포 변이가 더 적었지만 유전적 드라이버는 대체로 공유했다. 겉보기 연령 차이는 IDH 변이 glioma나 HPV 양성 자궁경암 같은 연령 의존 서브타입을 빼면 대부분 사라졌다. 변이 과정 측면에서는 AYA 대장·자궁·유방암에서 colibactin·APOBEC·HRD 관련 서명이 더 흔했지만, 존재할 경우 더 많이 변이된 것은 아니었다. 종 일치 병인성 생식줄 변이는 AYA에서 10.9%, 매칭 성인에서 6.6%였다(p=0.006)고, 대개 체세포성 두 번째 히트를 동반했다.

*출처: [Mateus et al. — SPEAR: laser microdissection with redesigned LC-MS/MS for spatial epitranscriptomics from FFPE tissue, bioRxiv 2026-10-16 (Institut de Recherche en Cancerologie de Montpellier)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758238v1), [Lee et al. — Decomposing scanner batch effects and their impact on pathology foundation models, bioRxiv 2026-10-14 (University of Pennsylvania)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757122v1), [Wan et al. — SVC: spatially and virtually embedded cell model for subcellular transcript organisation, bioRxiv 2026-10-14 (Yale University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757371v1), [van Putten et al. — Pan-cancer whole-genome landscape of Adolescent and Young Adult solid cancers, bioRxiv 2026-10-16 (Hartwig Medical Foundation / GENAYA)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759320v1)*

*#SpatialTranscriptomics #CancerAtlas #FFPE #PathologyFoundationModel #WholeGenome #AdolescentCancer*
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### Post 8: 오늘의 요약 — Score vs Signal(점수와 신호) Day

🧿 **오늘의 요약 — 2026년 10월 26일 · Score vs Signal Day**

오늘 8개의 포스트를 관통한 건 하나의 질문이었다. '점수가 올랐다'는 서술과 '현상이 바뀌었다'는 서술 사이의 거리가 얼마나 되는가. 답은 영역마다 달랐지만 대체로 좁았다. 분자 편집에서 DO1Cas9가 보여준 것은 상온 효소가 못 하는 저온 영역을 그 자체로 표적화할 수 있다는 점이고(1,500 m 심해, 파지 판독 효율 10배 감소), UMOD 연구가 보여준 것은 개별 변이가 아니라 기능 자체를 겨냥하는 네 개의 출구(최대 83.4% 교정 효율, 44.1~71.9% 불활성화 효율)였다. 네 개의 출구가 있다는 것은 결국 그만큼 '어떤 변이든 상관없다'는 목표가 실제로 설계 가능했다는 뜻이다.

분자 설계 쪽의 간극은 오히려 정면으로 드러났다. 627개 궤적, 채택 0건, 97%가 단일 게이트에서 탈락. 그리고 그 게이트가 잘못됐다는 진단. i_pTM 0.69와 pTM 0.90은 '설계가 인터페이스를 만들었다'는 신호였는데, pLDDT 0.60이라는 숫자가 그것을 막았다. 강제 타게팅을 켜니 통과가 1개에서 17개로 늘었다는 수치도 같은 논리다. 점수가 신호를 죽인 게 아니라, 잘못 정의된 점수가 신호를 죽인 거다. 이런 차이가 실무에서 아무리 작아 보여도 하루 단위 파이프라인에서는 수만 번 증폭된다.

한편 산업 쪽은 '어떤 지표를 계약의 기준으로 삼을 것인가'로 가고 있다. Pathos AI의 2억 3,700만 달러 라운드에서 BMS가 리드를 겸했고, 5년 계약으로 5,500만 달러를 데이터 이용료로 지불하는 구조는 'AI가 학습한다'와 'AI가 산다'가 같은 계약서에 들어갔다는 의미다. Astellas의 미니프로틴 라이선스(4억 달러 초과)는 설계 단위를 접이성 단백질로 옮겼고, Hansoh-Roche의 150억 달러 초과 ADC 계약은 중국 자산이 글로벌 딜의 중심으로 올라왔다는 신호다. 제약이 산 것의 공통점은 단일 스캐너 점수가 아니라 사업 단위 자산이라는 것이다.

규제 쪽은 '근거'라는 단어를 문서로 만들었다. Expedited IND Pilot의 10월 30일 마감과 12월 18일 코호트 선정, 'Substantial Evidence of Effectiveness' 개정 초안(2026-12622), 유전자편집 지침의 '바퀴를 다시 만들 필요 없다'(91 FR 33178), 그리고 bepirovirsen의 첫 ASO 허가(1,220명 중 233명, 19% 기능적 완치, placebo 0%). 특히 마지막은 치료 효과보다 치료 중단 가능성을 라벨에 썼다는 점에서, '완치'라는 단어의 정의 자체가 바뀌었다.

공간 전사체와 경로 모델 쪽에서는 두 가지 비대칭이 남는다. SPEAR는 0.1 mm²에서 RNA 변형 수십 종을 잡아내고, 그 미세한 면적이 고등급 glioma 영역의 메틸화 변형 동반 감소를 bulk 분석보다 더 잘 드러냈다. 반면 스캐너 보정에서는 Pix2Pix가 이미지 잔차를 69% 줄이면서 표현 거리는 27% 늘렸다. 픽셀과 표현은 같은 축에 있지 않다. 결국 오늘의 공통점은 이거다. 지표를 더 세련되게 만드는 일은, 그 지표가 무엇을 담고 있는지를 알 때만 의미가 있다. 627개가 0건이 되기까지, 그 구분이 필요하다.

*출처: [Fu, Chen, Wu — Why 627 BindCraft2 trajectories produced zero accepted binders, bioRxiv 2026-10-14](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758722v1), [Olaso-Llorca et al. — A deep-sea Cas9 nuclease, bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759226v1), [Diederich et al. — UMOD base editing, bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.758759v1), [STAT News — Pathos AI raises $237 million, 2026-10-23](https://www.statnews.com/2026/10/23/pathos-ai-bristol-myers-squibb-tempus-deal/), [GSK — Hibsago (bepirovirsen) US approval](https://www.gsk.com/en-gb/media/press-releases/hibsago-bepirovirsen-approved-in-the-us-for-the-treatment-of-chronic-hepatitis-b-chb/), [Federal Register — Substantial Evidence of Effectiveness revised draft guidance, 2026-12622](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12622/demonstrating-substantial-evidence-of-effectiveness-for-human-drug-and-biological-products-revised), [Lee et al. — Scanner batch effects and pathology foundation models, bioRxiv 2026-10-14](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757122v1), [Mateus et al. — SPEAR spatial epitranscriptomics, bioRxiv 2026-10-16](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758238v1)*

*#ScoreVsSignal #AIBioresearch #CRISPR #ProteinDesign #SingleCell #FDA #SpatialOmics*

## Sources (1차 출처 30개)

1. [Olaso-Llorca, Colizzi, Mingarro, Acinas, Ceron — DO1Cas9: a deep-sea Cas9 nuclease from a 1,500 m metagenomic sample, bioRxiv 2026-10-16 (IDIBELL, Barcelona)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759226v1)
2. [Diederich, Wendlinger, Kong, Halbritter, Devuyst, Kaminski — UMOD base editing with four mutation-agnostic inactivation routes for ADTKD, bioRxiv 2026-10-16 (Charité Universitätsmedizin Berlin)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.758759v1)
3. [Pathos AI — Pathos AI Secures $237 Million in Series E Financing to Scale Agentic AI Drug Development Platform and Advance Oncology Pipeline, BusinessWire 2026-10-23](https://www.businesswire.com/news/home/20261023421846/en/Pathos-AI-Secures-%24237-Million-in-Series-E-Financing-to-Scale-Agentic-AI-Drug-Development-Platform-and-Advance-Oncology-Pipeline)
4. [STAT News — AI drug firm Pathos raises $237 million, pushing valuation to $3 billion, 2026-10-23](https://www.statnews.com/2026/10/23/pathos-ai-bristol-myers-squibb-tempus-deal/)
5. [Fierce Biotech — BMS leads Pathos' $237M series E alongside Alzheimer's link, 2026-10](https://www.fiercebiotech.com/biotech/pathos-ai-closes-237m-series-e-heels-bms-alzheimers-link)
6. [AI Proteins — Research Collaboration and License Agreement With Astellas Pharma to Discover and Develop Novel Miniprotein-Based Therapeutics Valued at Over $400 Million, BusinessWire 2026-10-21](https://www.businesswire.com/news/home/20261021073833/en/AI-Proteins-Announces-Research-Collaboration-and-License-Agreement-With-Astellas-Pharma-to-Discover-and-Develop-Novel-Miniprotein-Based-Therapeutics-Valued-at-Over-%24400-Million)
7. [Hansoh Pharma — Collaboration and License Agreement with Roche (ADC portfolio, >$15B milestones), 2026-10-19](https://www.hspharm.com/news/news-detail-513518.htm)
8. [Upadhyay, Zhang, Kaur, Calvo-Barreiro, Teplova, Gabr — DELC2, a brain-penetrant CHI3L1 modulator from a 4.2-billion-compound DNA-encoded library, bioRxiv 2026-10-21 (Columbia University Irving Medical Center)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759511v1)
9. [Fu, Chen, Wu — Why 627 BindCraft2 trajectories produced zero accepted binders, bioRxiv 2026-10-14 (Shenzhen UniBindMD Computational Biotechnology)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758722v1)
10. [Butcher, Chen, Hunt, Haas, Dai, Tyka, Bauer, Brent, Mittal, King, Baker — Chaperone: a customizable RFdiffusion3-based protein design framework, bioRxiv 2026-10-20 (Institute for Protein Design, University of Washington / HHMI)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.759896v1)
11. [RosettaCommons — Chaperone open-source repository](https://github.com/RosettaCommons/chaperone)
12. [Cheng, Sun, Ye, Wu, Zhao — ProtNegDB: evidence-resolved protein-protein interaction benchmarks separating biological context from direct-partner specificity, bioRxiv 2026-10-14 (Peking University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757219v1)
13. [ProtNegDB — resource portal, Beijing University](http://protnegdb.bjmu.edu.cn/)
14. [Vasina, Kovar, Kizovsky, Damborsky, Stavrakis, Mazurenko, Prokop — CascadeMAP: autonomous microfluidic closed-loop optimisation of enzyme cascades, bioRxiv 2026-10-21 (Masaryk University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.04.730034v1)
15. [Ma, Tang, Sriram, Li, Jops, England, Vo, Liao, Smith, Margolis, Shalem, Ziller, Vuong, de la Torre-Ubieta, Gandal — scRBP: motif-supported RBP regulons from single-cell transcriptomes, bioRxiv 2026-10-19 (University of Pennsylvania)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758934v1)
16. [Shorer, Pinhasi, Amit, Yizhak — CloneTrast: clone-aware single-cell representation for cancer T-cell niches, bioRxiv 2026-10-14 (Technion)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.06.757206v1)
17. [Xie, Qian, Chang, Bhangale, McCarthy, Eraslan, Fletez-Brant — GEMS: cell-type attribution of genetic risk via Borzoi multimodal variant-effect prediction and SHAP, bioRxiv 2026-10-16 (Genentech)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.759213v1)
18. [Song, Diacofotaki, van der Veer, Leroy, Aerden, Che, Thienpont — Mitigating genotype-driven bias in atlas-scale single-cell DNA methylome, bioRxiv 2026-10-15 (KU Leuven / Leuven Cancer Institute)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.14.756197v1)
19. [FDA — FDA launches Expedited IND pilot, begins accepting applications (2026)](https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-launches-expedited-ind-pilot-begins-accepting-applications)
20. [Federal Register — Expedited Investigational New Drug Pilot Program; Request for Information (RFI FDA-2026-N-4699), notice 2026-12621, 2026-06-24](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12621/expedited-investigational-new-drug-pilot-program-request-for-information)
21. [FDA — FDA Actions to Accelerate and Modernize Early and Late Stage Clinical Development (guidance hub, updated 2026-09-21)](https://www.fda.gov/industry/fda-actions-accelerate-and-modernize-early-and-late-stage-clinical-development)
22. [Federal Register — Demonstrating Substantial Evidence of Effectiveness for Human Drug and Biological Products; Revised Draft Guidance for Industry; Availability, notice 2026-12622, 2026-06-24](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/24/2026-12622/demonstrating-substantial-evidence-of-effectiveness-for-human-drug-and-biological-products-revised)
23. [Federal Register — Leveraging Prior Knowledge in the Development of Human Gene Therapy Products Incorporating Genome Editing; Draft Guidance for Industry; Availability, notice 2026-11054, 91 FR 33178, 2026-06-03](https://www.federalregister.gov/documents/2026/06/03/2026-11054/leveraging-prior-knowledge-in-the-development-of-human-gene-therapy-products-incorporating-genome)
24. [FDA — Leveraging Prior Knowledge in the Development of Human Gene Therapy Products Incorporating Genome Editing (docket FDA-2026-D-1257, comment deadline 2026-09-01)](https://www.regulations.gov/docket/FDA-2026-D-1257)
25. [GSK — Hibsago (bepirovirsen) approved in the US for the treatment of chronic hepatitis B (CHB), 2026-10](https://www.gsk.com/en-gb/media/press-releases/hibsago-bepirovirsen-approved-in-the-us-for-the-treatment-of-chronic-hepatitis-b-chb/)
26. [FDA — FDA Approves First-of-Its-Kind Chronic Hepatitis B Treatment (Hibsago/bepirovirsen), 2026-10-20](https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-its-kind-chronic-hepatitis-b-treatment)
27. [Mateus, Attina, Bigot, Rigau, Vialaret, Hirtz, Darlix, Planque, David — SPEAR: laser microdissection with a redesigned LC-MS/MS pipeline for spatial epitranscriptomics from FFPE tissue, bioRxiv 2026-10-16 (Institut de Recherche en Cancerologie de Montpellier / INSERM U1194)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.13.758238v1)
28. [Lee, Takemaru, Zhu, Sullivan, Lee, Ge, Kreiger, Baxter, Huang, Kim, Oldridge — Decomposing scanner batch effects and their impact on pathology foundation models, bioRxiv 2026-10-14 (University of Pennsylvania)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757122v1)
29. [Wan, Yang, Hou, Wang, Zhou — SVC: spatially and virtually embedded cell model for subcellular transcript organisation, bioRxiv 2026-10-14 (Yale University)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.07.757371v1)
30. [van Putten, Rosendahl Huber, Koster, Roerink, de Ligt, Roepman, Kas, van Boxtel, van der Graaf, Cuppen — Pan-cancer whole-genome landscape of Adolescent and Young Adult solid cancers, bioRxiv 2026-10-16 (Hartwig Medical Foundation / GENAYA consortium)](https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.15.759320v1)